De behandeling in FPC Gent is gebaseerd op zes empirisch onderbouwde patiëntprofielen. Per patiëntprofiel is er een specifiek forensisch behandeltraject dat bestaat uit een aantal basismodules, waaraan modules op maat van de patiënt worden toegevoegd. De voortgang in de behandeling is bepalend voor de doorstroom binnen het centrum en de uitstroom naar een eventuele vervolgvoorziening of de maatschappij. Patiënten worden hier volgens het principe van shared decision making nauw bij betrokken. Aan de hand van diverse evaluatiemomenten wordt vinger aan de pols gehouden dat de behandeldoelen worden bereikt.

Het uiteindelijk doel van de behandeling is een veilige en verantwoorde terugkeer van de patiënten naar de maatschappij of naar een minder beveiligde vervolgvoorziening. Dit traject start bij de aanmelding van de patiënt door de KBM voor FPC Gent. Het voorbereidend onderzoek resulteert in een opname op de voor de patiënt meest aangewezen afdeling. Eenmaal opgenomen start de stabilisatiefase, waarin verdere observatie, diagnose en risicotaxatie gebeuren, teneinde een zo volledig mogelijk beeld van de patiënt te krijgen en hem te oriënteren naar de voor hem meest aangepaste behandeling.

Het individueel behandelplan is sturend bij het re-integratietraject en het volledige verblijf en de behandeling van de patiënt staan in het teken staan van de acties die moeten ondernomen worden om een re-integratie in de maatschappij, hetzij doorstroom naar een minder beveiligde setting, mogelijk te maken. Een verblijf in een hoog beveiligd centrum met een intensief zorgaanbod heeft een belangrijke impact op een patiënt en zijn maatschappelijke integratie. Bij het aanbieden van (forensisch) psychiatrische zorg moet daarom systematisch gekozen worden voor de minst ingrijpende zorgvorm.