FPC Gent behandelt een zeer diverse doelgroep van patiënten, die in veel gevallen een lang voortraject hebben in andere instellingen en gevangenissen en dikwijls een hoge somatische zorgnood hebben. Intramuraal staat het leven in de groep centraal en kent FPC Gent een therapeutisch leefklimaat volgens de principes van de milieutherapie. FPC Gent kiest, gezien de samenhang tussen stoornis en delict, voor een geïntegreerde aanpak van behandeling en risicomanagement.

Omdat risico- en beschermende factoren bij de patiënten op veel terreinen van hun functioneren kunnen liggen, worden verschillende instrumenten ingezet voor de uitvoering van het risicomanagement. In de behandeling zijn deze instrumenten geordend binnen volgende aandachtsgebieden: behandeling stoornis, behandeling delictgedrag, risicotaxatie, externe controle en resocialisatie.

De behandeling is gebaseerd op verschillende theoretische grondslagen, gebeurt multidisciplinair en is gebaseerd op empirisch onderbouwde patiëntprofielen. Per patiëntprofiel is er een specifiek forensisch behandeltraject.

Om de somatische problematieken, het hoofd te bieden, heeft FPC Gent een eigen medische dienst, waarin de meest noodzakelijke medische disciplines opgenomen werden. Bovendien werden samenwerkingsverbanden met ziekenhuizen afgesloten, zodanig dat ook voor die gevallen waar externe zorg noodzakelijk is, de zorg voor lichamelijke aandoeningen de nodige aandacht krijgt.

Een belangrijk principe van de behandeling is dat de behandelende staf en de patiënt een gezamenlijk traject afleggen, waarbij het netwerk van de patiënt zo nauw mogelijk betrokken wordt. Door het behandeltraject samen af te leggen, wordt overeenstemming over de behandeldoelstellingen en de wijze waarop hier naartoe zal gewerkt worden bereikt enerzijds en wordt de patiënt geresponsabiliseerd anderzijds. Het netwerk van de patiënt deelgenoot maken van de behandeling is essentieel met het oog op re-integratie.